El plan de estudios comprende tres áreas generales de formación de conocimientos: básica, especializada y de investigación.
El Área de Formación Básica (AFB) corresponde a conocimientos sobre las bases teórico metodológicas del estudio y de los ecosistemas tropicales, su biodiversidad, considerando la perspectiva de sustentabilidad y saberes tradicionales.
El Área de Formación Especializada (AFE) se define por las actividades docentes que, previo acuerdo del Comité Tutoral, serán cursadas por el alumno para obtener los conocimientos específicos de su línea y necesarios para el desarrollo del proyecto de investigación.
El Área de Formación en Investigación (AFI) comprende el desarrollo del trabajo de investigación, su presentación en los Coloquios y la redacción del documento recepcional.